Les premières traces d’occupation lacustres sur les rives du lac d’Annecy, date du Néolithique, soit 3 800 ans avant notre ère, suivit des Allobroges, auquel succèderont les romains, puis le premier royaume Burgonde ayant Genève pour capitale, auquel succèderont les comtes de Genève, et pour terminer les comtes de Savoie.
La ville recèle encore de nombreux trésors archéologiques dans son sous-sol que l’Inrap met à jour au fil des années dans le quartier des Romais au cœur de l’ancienne cité de Boutae, d’autres, près de l'hôpital d’Annecy, à Seynod etc.., sans oublier les différentes communes autours du lac.
De son passé romain, connu sous le nom de « Boutae », Annecy était à la croisée de 3 voies romaines importantes : Genève, Faverges, Aix-les-Bains.
Annecy ne possède plus d’infrastructure architecturale, si ce n’est dans son sous-sol. Les matériaux ont été réemployés dans la construction d’édifices de la nouvelle ville au pied du château et du château lui-même sans doute. Les Archives Municipales d’Annecy possède une collection d’images sur les différents sites de recherches archéologiques.
Un documentaire présentant les découvertes romaines d'Annecy est visible sur Youtube.